Jorgensen W. L., 2009, Acc. Chem. Res., 42, 724, 10.1021/ar800236t
Jorgensen W. L., 2004, Science, 303, 1813, 10.1126/science.1096361
Homeyer N., 2014, J. Chem. Theory Comput., 10, 3331, 10.1021/ct5000296
Chipot C., 2007, Free Energy Calculations: Theory and Applications in Chemistry and Biology, 86, 10.1007/978-3-540-38448-9
Chodera J. D., 2011, Curr. Opin. Struct. Biol., 21, 150, 10.1016/j.sbi.2011.01.011
Knight J. L., 2009, J. Comput. Chem., 30, 1692, 10.1002/jcc.21295
Zheng L., 2008, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 105, 20227, 10.1073/pnas.0810631106
Gallicchio E., 2011, Curr. Opin. Struct. Biol., 21, 161, 10.1016/j.sbi.2011.01.010
Hansen N., 2014, J. Chem. Theory Comput., 10, 2632, 10.1021/ct500161f
McCammon J. A., 1977, Nature, 267, 585, 10.1038/267585a0
Jorgensen W. L., 1985, J. Chem. Phys., 83, 3050, 10.1063/1.449208
Bash P., 1987, Science, 235, 574, 10.1126/science.3810157
Kollman P., 1993, Chem. Rev., 93, 2395, 10.1021/cr00023a004
Wong C. F., 1986, J. Am. Chem. Soc., 108, 3830, 10.1021/ja00273a048
Merz K. M., 1989, J. Am. Chem. Soc., 111, 5649, 10.1021/ja00197a022
Deng Y., 2009, J. Phys. Chem. B, 113, 2234, 10.1021/jp807701h
Gallicchio E., 2010, J. Chem. Theory Comput., 6, 2961, 10.1021/ct1002913
Durrant J., 2011, BMC Biol., 9, 1, 10.1186/1741-7007-9-71
Riniker S., 2011, J. Phys. Chem. B, 115, 13570, 10.1021/jp204303a
Michel J., 2008, J. Med. Chem., 51, 6654, 10.1021/jm800524s
MacKerell A. D., 1998, J. Phys. Chem. B, 102, 3586, 10.1021/jp973084f
Wang J., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1157, 10.1002/jcc.20035
Jorgensen W. L., 1988, J. Am. Chem. Soc., 110, 1657, 10.1021/ja00214a001
Jorgensen W. L., 1996, J. Am. Chem. Soc., 118, 11225, 10.1021/ja9621760
Kaminski G. A., 2001, J. Phys. Chem. B, 105, 6474, 10.1021/jp003919d
Halgren T. A., 1996, J. Comput. Chem., 17, 587
OPLS 2.1; Schrodinger, Inc.: New York, 2014.
Bochevarov A. D., 2013, Int. J. Quantum Chem., 113, 2110, 10.1002/qua.24481
Murphy R. B., 1995, J. Chem. Phys., 103, 1481, 10.1063/1.469769
Storer J., 1995, J. Comput.-Aided Mol. Des., 9, 87, 10.1007/BF00117280
Jakalian A., 2002, J. Comput. Chem., 23, 1623, 10.1002/jcc.10128
Shivakumar D., 2012, J. Chem. Theory Comput., 8, 2553, 10.1021/ct300203w
Jorgensen W. L., 2005, J. Comput. Chem., 26, 1689, 10.1002/jcc.20297
Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Shaw, D. E.InProceedings of the 2006 ACM/IEEE conference on Supercomputing, Tampa, FL, 2006; p84.
Liu P., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 13749, 10.1073/pnas.0506346102
Wang L., 2011, J. Phys. Chem. B, 115, 9431, 10.1021/jp204407d
Wang L., 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109, 1937, 10.1073/pnas.1114017109
Wang L., 2013, J. Chem. Theory Comput., 9, 1282, 10.1021/ct300911a
Cole D. J., 2014, J. Chem. Theory Comput., 565, 10.1021/ct400989x
Bergdorf, M.; Kim, E. T.; Rendleman, C. A.; Shaw, D. E.D. E. Shaw Research, Technical Report DESRES/TR-2014-01, 2014.
Liu S., 2013, J. Comput.-Aided Mol. Des., 27, 755, 10.1007/s10822-013-9678-y
Prime, version 3.8; Schrodinger Inc., New York, 2014.
Glide, version 6.5; Schrodinger Inc., New York, 2014.
Brown S. P., 2009, Drug Discovery Today, 14, 420, 10.1016/j.drudis.2009.01.012
Baum B., 2009, J. Mol. Biol., 390, 56, 10.1016/j.jmb.2009.04.051
Cumming J. N., 2012, Bioorg. Med. Chem. Lett., 22, 2444, 10.1016/j.bmcl.2012.02.013
Hardcastle I. R., 2004, J. Med. Chem., 47, 3710, 10.1021/jm0311442
Szczepankiewicz B. G., 2006, J. Med. Chem., 49, 3563, 10.1021/jm060199b
Friberg A., 2012, J. Med. Chem., 56, 15, 10.1021/jm301448p
Goldstein D. M., 2011, J. Med. Chem., 54, 2255, 10.1021/jm101423y
Wilson D. P., 2007, J. Med. Chem., 50, 4681, 10.1021/jm0702478
Liang J., 2013, Eur. J. Med. Chem., 67, 175, 10.1016/j.ejmech.2013.03.070
Liang J., 2013, J. Med. Chem., 56, 4521, 10.1021/jm400266t