Một mô tả dựa trên hình cầu để so khớp cấu trúc protein

Shin-ichi Nakayama1, Peter Willett2
1University of Library and Information Science, 1-2 Kasuga, Tsukuba, Ibaraki 305-8550, Japan E-mail: [email protected], , JP
2Krebs Institute for Biomolecular Research and Department of Information Studies, University of Sheffield, Western Bank, Sheffield S10 2TN, UK, , GB

Tóm tắt

Bài báo này mô tả việc sử dụng một mô tả dựa trên số lượng nguyên tố carbon α nằm trong một hình cầu được tập trung vào carbon α của mỗi dư lượng amino acid trong một protein. Mô tả này có thể được sử dụng thay vì các loại dư lượng trong một thuật toán lập trình động, do đó cung cấp một phương pháp hiệu quả để căn chỉnh cấu trúc protein. Phương pháp này được áp dụng để căn chỉnh các họ protein và tìm kiếm cơ sở dữ liệu. Kết quả cho thấy phương pháp này có thể nhanh chóng căn chỉnh các chuỗi protein với sự xem xét cấu trúc 3D và có thể tìm thấy các protein có cấu trúc 3D tương tự và khác biệt so với protein mục tiêu.

Từ khóa

#cấu trúc protein #mô tả hình cầu #lập trình động #căn chỉnh cấu trúc #tìm kiếm cơ sở dữ liệu

Tài liệu tham khảo