Một đánh giá về các vấn đề liên quan đến việc đo lường sự phát triển của vi khuẩn trên rễ cây

Sự xâm thực của rễ bởi vi khuẩn được giới thiệu là một bước quan trọng trong tương tác giữa vi khuẩn có lợi với cây chủ. Những nhà nghiên cứu cố gắng đo lường sự xâm thực của rễ bởi vi khuẩn phải đối mặt với một số vấn đề. Một khái niệm hoặc định nghĩa rõ ràng về sự xâm thực của rễ nên được nêu rõ trong mỗi tóm tắt nghiên cứu, vì đã có nhiều định nghĩa khác nhau được đề xuất. Chúng tôi coi những vi khuẩn xâm thực thực sự là những vi khuẩn xâm thực vào rễ trong điều kiện cạnh tranh, tức là đất tự nhiên tại hiện trường. Các phương pháp xử lý mẫu rễ khác nhau là cần thiết nếu một người chỉ đo lường sự xâm thực bên ngoài của rễ, xâm thực bên trong, hay cả hai. Với thực tế rằng hầu hết các chủng vi khuẩn có lợi hiện đang được nghiên cứu như những nhà xâm thực rễ đều là thành viên của các taxa thường có trong đất, một hệ thống đánh dấu là cần thiết để phân biệt chủng được giới thiệu với các thành viên trong cộng đồng rễ bản địa. Kháng sinh tự phát, các phương pháp miễn dịch và các chuỗi DNA ngoại lai là những hệ thống đánh dấu đã được sử dụng và mỗi hệ thống đều có một số lợi ích và hạn chế nhất định. Cần có thêm nghiên cứu trong việc phát triển và so sánh các hệ thống đánh dấu. Thiết kế thí nghiệm để đo lường sự xâm thực của rễ nên xem xét một số vấn đề thống kê. Cần quyết định cái gì tạo thành đơn vị mẫu cho mỗi lần lặp lại của một điều trị nhất định, ví dụ, toàn bộ hệ thống rễ hoặc các đoạn rễ. Cũng nên xem xét cách tốt nhất để biểu đạt dân số ước tính của các vi khuẩn xâm thực (ví dụ, cfu/g trọng lượng tươi hoặc khô của rễ, cfu/cm rễ, hoặc cfu/diện tích bề mặt của rễ). Phân tích thống kê bằng các bài kiểm tra phân tích phương sai chuẩn nên được sử dụng bất cứ khi nào có thể để phân tách các mức trung bình của các mức độ xâm thực; tuy nhiên, cần xác định rằng các giả định cơ bản của các bài kiểm tra này là chính xác cho mỗi thí nghiệm. Cuối cùng, trong việc định lượng dân số trên rễ, người ta hầu như chắc chắn sẽ gặp phải các lần lặp lại không có vi khuẩn, tức là số không. Có một số lựa chọn về cách tính toán các mức trung bình điều trị khi một hoặc nhiều lần lặp lại là số không, và các tác động của những lựa chọn này đã được thảo luận. Từ khóa: sinh quang học, đánh dấu di truyền, vi khuẩn thúc đẩy tăng trưởng thực vật, vi khuẩn rễ, rễ, sự xâm thực.