Chỉ số tiên đoán dựa trên mười bốn RNA không mã hóa dài nhằm dự đoán khả năng sống sót không tái phát cho bệnh nhân ung thư bàng quang xâm lấn cơ

BMC Medical Informatics and Decision Making - 2020
Xiaolong Zhang1, Meng Zhang2, Xuanping Zhang1, Xiaoyan Zhu1, Jiayin Wang1
1School of Computer Science and Technology, Shaanxi Engineering Research Center of Medical and Health Big Data, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China
2School of Medicine, Shenzhen University, Shenzhen, China

Tóm tắt

Abstract Giới thiệu Ung thư bàng quang (BC) được xem là một trong những loại ung thư nguy hiểm nhất trên toàn thế giới. Tuy nhiên, vẫn còn thiếu những chỉ số đầy đủ để dự đoán tiên lượng cho bệnh nhân BC. Bài nghiên cứu này nhằm thiết lập một dấu ấn tiên đoán tiên lượng dựa trên RNA không mã hóa dài (lncRNA) cho bệnh nhân BC xâm lấn. Phương pháp Chúng tôi đã tải xuống hồ sơ biểu hiện lncRNA từ cơ sở dữ liệu The Cancer Genome Atlas (TCGA), cùng với các thông tin lâm sàng và bệnh lý liên quan. Phân tích hồi quy Cox univariate được sử dụng để tìm kiếm các lncRNA liên quan đến sự sống sót không tái phát (RFS). Sau đó, phương pháp LASSO được áp dụng để xây dựng dấu ấn dựa trên các ứng cử viên lncRNA liên quan đến RFS này. Các gen có liên quan đến mười bốn lncRNA này được trích xuất từ hồ sơ biểu hiện mRNA, với hệ số tương quan Pearson > 0.60 hoặc < − 0.40. Tiếp theo, phân tích làm giàu đường đi Proteomap được thực hiện để phân loại chức năng của các gen liên quan này. Hơn nữa, các phân tích đa biến đã được thực hiện để làm rõ vai trò độc lập của dấu ấn đề xuất với các đặc điểm lâm sàng và bệnh lý.

Từ khóa

#ung thư bàng quang #RNA không mã hóa dài #tiên đoán tiên lượng #sống sót không tái phát #phân tích hồi quy Cox.

Tài liệu tham khảo

Ilaria L, Michela DM, Tobias K, Shariat SF. Novel biomarkers to predict response and prognosis in localized bladder cancer. J Urol Clin North Am. 2015;42(2):225–33.

Zhou M, Guo M, He D, Wang X, Cui Y, Yang H, Hao D, Sun J. A potential signature of eight long non-coding RNAs predicts survival in patients with non-small cell lung cancer. J Transl Med. 2015;13(1):231.

Cheetham SW, Gruhl F, Mattick JS, Dinger ME. Long noncoding RNAs and the genetics of cancer. J Br J Cancer. 2013;108(12):2419–25.

Liu N, Liu Q, Yang X, Zhang F, Li X, Ma Y, Guan F, Zhao X, Li Z, Zhang L, et al. Hepatitis B virus-upregulated lnc-HUR1 promotes cell proliferation and tumorigenesis by blocking p53 activity. Hepatology. 2018;68(6):2130–44.

Lopez-Pajares V, Qu K, Zhang J, Webster DE, Barajas BC, Siprashvili Z, Zarnegar BJ, Boxer LD, Rios EJ, Tao S, et al. A LncRNA-MAF: MAFB transcription factor network regulates epidermal differentiation. Dev Cell. 2015;32(6):693–706.

Inma G, Roberto M, Eneritz A, Dittmer TA, Katia G, Tom M, Luco RF. A lncRNA regulates alternative splicing via establishment of a splicing-specific chromatin signature. J Nat Struct Biol M. 2015;22(5):370–6.

Gutschner T, Hämmerle M, Eißmann M, Hsu J, Kim Y, Hung G, Revenko A, Arun G, Stentrup M, Groß M. The non-coding RNA MALAT1 is a critical regulator of the metastasis phenotype of lung cancer cells. Cancer Res. 2013;73(3):1180–9.

Jin C, Yan B, Lu Q, Lin Y, Ma L. Reciprocal regulation of Hsa-miR-1 and long noncoding RNA MALAT1 promotes triple-negative breast cancer development. Tumour Biol. 2016;37(6):7383–94.

Li C, Cui Y, Liu LF, Ren WB, Li QQ, Zhou X, Li YL, Li Y, Bai XY, Zu XB, et al. High Expression of Long Noncoding RNA MALAT1 Indicates a Poor Prognosis and Promotes Clinical Progression and Metastasis in Bladder Cancer. Clin Genitourin Cancer. 2018;36(6):570–6.

Shi XS, Li J, Yang RH, Zhao GR, Zhou HP, Zeng WX, Zhou M. Correlation of increased MALAT1 expression with pathological features and prognosis in cancer patients: a meta-analysis. 2015;14(4):18808.

Zhai H, Chen QJ, Chen BD, Yang YN, Ma YT, Li XM, Liu F, Yu ZX, Xiang Y, Liao W. Long noncoding RNA MALAT1 as a putative biomarker of lymph node metastasis: a meta-analysis. Int J Clin Exp Med. 2015;8(5):7648–54.

Tang D, Yang Z, Long F, Luo L, Yang B, Zhu R, Sang X, Cao G. Inhibition of MALAT1 reduces tumor growth and metastasis and promotes drug sensitivity in colorectal cancer. Cell Signal. 2019;57:21–8.

Yang K, Hou Y, Li A, Li Z, Wang W, Xie H, Rong Z, Lou G, Li K. Identification of a six-lncRNA signature associated with recurrence of ovarian cancer. Sci Rep. 2017;7(1):752.

Song P, Jiang B, Liu Z, Ding J, Liu S, Guan W. A three-lncRNA expression signature associated with the prognosis of gastric cancer patients. Cancer Med. 2017;6(6):1154–64.

Zhang H, Cai Y, Zheng L, Zhang Z, Lin X, Jiang N. LncRNA BISPR promotes the progression of thyroid papillary carcinoma by regulating miR-21-5p. Int J Immunopathol Pharmacol. 2018;32:2058738418772652.

Shi X, Zhao Y, Zhou M, Pan S, Yu S, Xie Y, Li X, Wang M, Guo X, Qin R. Three-lncRNA signature is a potential prognostic biomarker for pancreatic adenocarcinoma. 2018;9(36):24248–59.

Li J, Chen Z, Tian L, Zhou C, He MY, Gao Y, Wang S, Zhou F, Shi S, Feng X, et al. LncRNA profile study reveals a three-lncRNA signature associated with the survival of patients with oesophageal squamous cell carcinoma. Gut. 2014;63(11):1700–10.

Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550.

He A, Chen Z, Mei H, Liu Y. Decreased expression of LncRNA MIR31HG in human bladder cancer. Cancer Biomark. 2016;17(2):231–6.

Lan T, Yuan K, Yan X, Xu L, Liao H, Hao X, Wang J, Liu H, Chen X, Xie K, et al. LncRNA SNHG10 facilitates Hepatocarcinogenesis and metastasis by modulating its homolog SCARNA13 via a positive feedback loop. Cancer Res. 2019;79(13):3220–34.

Shahryari A, Rafiee MR, Fouani Y, Oliae NA, Samaei NM, Shafiee M, Semnani S, Vasei M, Mowla SJ. Two novel splice variants of SOX2OT, SOX2OT-S1, and SOX2OT-S2 are coupregulated with SOX2 and OCT4 in esophageal squamous cell carcinoma. Stem Cells. 2014;32(1):126–34.

Yu D, Holm R, Goscinski MA, Trope CG, Nesland JM, Suo Z. Prognostic and clinicopathological significance of Cacna2d1 expression in epithelial ovarian cancers: a retrospective study. Am J Cancer Res. 2016;6(9):2088–97.

Sui X, Geng J, Li YH, Zhu G, Wang WH. Calcium channel α2δ1 subunit (CACNA2D1) enhances radioresistance in cancer stem-like cells in non-small cell lung cancer cell lines. Cancer Manage Res. 2018;10:5009–18.

Thông tin
Thông tin xuất bản

BMC Medical Informatics and Decision Making

Thông tin tác giả