Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Hướng dẫn chẩn đoán tại phòng thí nghiệm bệnh viêm phổi Corona-19 cho các bác sĩ tiêu hóa
Tóm tắt
Sự bùng phát của Bệnh Viêm Phổi Corona-19 (COVID-19), do Hội chứng Hô hấp Cấp tính Nghiêm trọng Corona Virus - 2 (SARS-CoV-2) gây ra, trở thành một đại dịch toàn cầu đang có tác động đáng kể đến hệ thống chăm sóc sức khỏe, đặc biệt là các phòng thí nghiệm vi sinh lâm sàng trên toàn thế giới. Có nhiều báo cáo cho thấy tình trạng bệnh có thể xuất hiện với các triệu chứng tiêu hóa như buồn nôn, nôn mửa, tiêu chảy và mất cảm giác thèm ăn, mà các bác sĩ tiêu hóa có thể phải xử lý. Do đó, kiến thức về chẩn đoán COVID-19 cũng rất quan trọng đối với các bác sĩ tiêu hóa. Bài tổng quan hiện tại sẽ đề cập đến những thách thức gặp phải khi lựa chọn việc thu thập mẫu, vận chuyển và thử nghiệm phù hợp cho nhiễm SARS-CoV-2. Mẫu đúng vào đúng thời điểm từ vị trí giải phẫu đúng với các biện pháp phòng ngừa thích hợp là điều quan trọng trong việc chẩn đoán chính xác và kịp thời COVID-19. Các xét nghiệm có thể được chia thành các xét nghiệm trực tiếp, gián tiếp và bổ sung. Trong xét nghiệm trực tiếp, phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (RT-PCR) là xét nghiệm phân tử lựa chọn hàng đầu cho chẩn đoán COVID-19. Các xét nghiệm trực tiếp khác bao gồm GeneXpert và TrueNAT. Trong xét nghiệm gián tiếp, các kỹ thuật dựa trên kháng nguyên - kháng thể được khuyến nghị cho việc giám sát tình trạng bệnh, điều này có thể giúp hoạch định các biện pháp kiểm soát. Cuối cùng, các xét nghiệm bổ sung giúp đánh giá mức độ nghiêm trọng của bệnh và đánh giá tiên lượng. Tất cả các xét nghiệm trên đều quan trọng không chỉ cho việc chẩn đoán mà còn cho chiến lược quản lý và tiên lượng.
Từ khóa
#COVID-19 #SARS-CoV-2 #chẩn đoán tại phòng thí nghiệm #bác sĩ tiêu hóa #triệu chứng tiêu hóaTài liệu tham khảo
Azhar EI, Hui DSC, Memish ZA, Drosten C, Zumla A. The Middle East Respiratory Syndrome (MERS). Infect Dis Clin N Am. 2019;33:891–905.
Drosten C, Preiser W, Günther S, Schmitz H, Doerr HW. Severe acute respiratory syndrome: identification of the etiological agent. Trends Mol Med. 2003;9:325–7.
Hui DSC, Zumla A. Severe acute respiratory syndrome: historical, epidemiologic, and clinical features. Infect Dis Clin N Am. 2019;33:869–89.
Mao R, Qiu Y, He J-S, et al. Manifestations and prognosis of gastrointestinal and liver involvement in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020;5:667–78.
Yang L, Tu L. Implications of gastrointestinal manifestations of COVID-19. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020;5:629–30.
Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020;323:1843–4.
Xu Y, Li X, Zhu B, et al. Characteristics of pediatric SARS-CoV-2 infection and potential evidence for persistent fecal viral shedding. Nat Med. 2020;26:502–5.
Chu DK, Pan Y, Cheng SM, et al. Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. Clin Chem. 2020;66:549–55.
Corman VM, Landt O, Kaiser M, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25:2000045.
Loeffelholz MJ, Tang YW. Laboratory diagnosis of emerging human coronavirus infections–the state of the art. Emerg Microbes Infect. 2020;9:747–56.
Ravichandran K, Anbazhagan S, Agri H, et al. Global status of COVID-19 diagnosis: an overview. J Pure Appl Microbiol. 2020;14:879–92.
Tang YW, Schmitz JE, Persing DH, Stratton CW. Laboratory diagnosis of COVID-19: current issues and challenges. J Clin Microbiol. 2020;58:e00512–20.
Pan Y, Zhang D, Yang P, Poon LLM, Wang Q. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples. Lancet Infect Dis. 2020;20:411–2.
Ahmed W, Angel N, Edson J, et al. First confirmed detection of SARS-CoV-2 in untreated wastewater in Australia: a proof of concept for the wastewater surveillance of COVID-19 in the community. Sci Total Environ. 2020;728:138764.
Amirian ES. Potential fecal transmission of SARS-CoV-2: current evidence and implications for public health. Int J Infect Dis. 2020;95:363–70.
Ghoshal UC, Ghoshal U, Dhiman RK. Gastrointestinal and hepatic involvement in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection: a review. J Clin Exp Hepatol.
Emery SL, Erdman DD, Bowen MD, et al. Real-time reverse transcription–polymerase chain reaction assay for SARS-associated coronavirus. Emerg Infect Dis. 2004;10:311–6.
Chan PK, To WK, Ng KC, et al. Laboratory diagnosis of SARS. Emerg Infect Dis. 2004;10:825–31.
Arnold PR, Lord NP, Smith AN, Bybee SM. The effects of non-ideal temperature regimes on RNA quality from samples stored in RNAlater like buffer: An attempt to replicate fiels conditions. J Analyt Molecul Tech. 2016;2:8.
Ling L, Kaplan SE, Lopez JC, Stiles J, Lu X, Tang YW. Parallel validation of three molecular devices for simultaneous detection and identification of influenza A and B and respiratory syncytial viruses. J Clin Microbiol. 2018;56:e01691–17.
World Health Organization. Laboratory biosafety guidance related to the novel coronavirus (2019-nCoV). Interim guidance Available from URL: https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/laboratory-biosafety-novel-coronavirus-version-1-1.pdf.2020.
Notification of ICM testing in private COVID labs in India by MOHFW. https://www.mohfw.gov.in/pdf/NotificationofICMguidelinesforCOVID19testinginprivatelaboratoriesiIndia
Blow JA, Dohm DJ, Negley DL, Mores CN. Virus inactivation by nucleic acid extraction reagents. J Virol Methods. 2004;119:195–8.
Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, et al. First case of 2019 novel coronavirus in the United States. N Engl J Med. 2020;382:929–36.
Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019;17:181–92.
Lu R, Zhao X, Li J, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020;395:565–74.
Chan JF, Yip CC, To KK, et al. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel real-time reverse transcription-PCR assay validated in vitro and with clinical specimens. J Clin Microbiol. 2020;58:e00310–20.
Li Q, Guan X, Wu P, et al. Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus–infected pneumonia. N Engl J Med. 2020;382:1199–207.
Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) World Health Organization (WHO).
Cheng VC, Wong SC, Chen JH, et al. Escalating infection control response to the rapidly evolving epidemiology of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) due to SARS-CoV-2 in Hong Kong. Infect Control Hosp Epidemiol. 2020;41:493–8.
Chan CM, Tse H, Wong SS, et al. Examination of seroprevalence of coronavirus HKU1 infection with S protein-based ELISA and neutralization assay against viral spike pseudotyped virus. J Clin Virol. 2009;45:54–60.
Meyer B, Drosten C, Muller MA. Serological assays for emerging coronaviruses: challenges and pitfalls. Virus Res. 2014;194:175–83.
Zhao J, Yuan Q, Wang H, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis. 2020;ciaa344.
Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020;58:1070-6.
Advisory on feasibility of using pooled samples for molecular testing of COvID-19 https://www.mohfw.gov.in/pdf/letterregguidanceonpoolingsamplesfortesting001.pdf
Operational Considerations for Personal Protective Equipment in the Context of Global Supply Shortages for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Pandemic: non-US Healthcare Settings https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/non-us-settings/emergency-considerations-ppe.html