Phân tích đa dạng vi khuẩn trong dạ cỏ dựa trên thư viện 16S rDNA

Dữ liệu chuỗi 16S rDNA vi khuẩn, bao gồm các chuỗi dài hơn 1 kb, đã được thu thập từ các nghiên cứu thư viện dạ cỏ đã công bố và các cơ sở dữ liệu công khai, sau đó được kết hợp và phân tích để đánh giá sự đa dạng của hệ sinh thái vi sinh vật trong dạ cỏ như được chỉ thị bởi dữ liệu hợp nhất. Vi khuẩn Gram dương G+C thấp (54%) và các phylum Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides (40%) là những phylum được đại diện phong phú nhất. Sự đa dạng được suy ra từ việc kết hợp các tập dữ liệu rộng lớn hơn nhiều so với các nghiên cứu riêng lẻ, rất có thể là do các chế độ ăn khác nhau làm phong phú cho các vi khuẩn có hoạt động lên men khác nhau. Tổng cộng có 341 đơn vị phân loại hoạt động (OTU) được dự đoán bằng phương pháp ước lượng phi tham số Chao1. Phân tích phát sinh chủng loại và cơ sở dữ liệu cho thấy 89% sự đa dạng có độ tương đồng cao nhất với các sinh vật chưa được nuôi cấy, và rằng một số chuỗi có khả năng đại diện cho các nhóm phân loại mới. Hơn nữa, trong số 11% sự đa dạng được đại diện bởi các chủng đã cấy (> 95% đồng nhất 16S rDNA), không phải tất cả vi khuẩn đều có nguồn gốc từ dạ cỏ. Nghiên cứu này do đó nhấn mạnh sự cần thiết phải hòa hợp giữa vi sinh vật học dạ cỏ cổ điển dựa trên cấy và các nghiên cứu sinh thái phân tử để xác định vai trò chuyển hóa của các loài chưa được nuôi cấy.