VESTA 3 cho trực quan hóa ba chiều dữ liệu tinh thể, thể tích và hình thái

Journal of Applied Crystallography - Tập 44 Số 6 - Trang 1272-1276 - 2011
Koichi Momma1, Fujio Izumi1
1Quantum Beam Unit, National Institute for Materials Science, 1-1 Namiki, Tsukuba, Ibaraki 305-0044, Japan

Tóm tắt

VESTA là một hệ thống trực quan hóa ba chiều dành cho nghiên cứu tinh thể học và tính toán trạng thái điện tử. Nó đã được nâng cấp lên phiên bản mới nhất, VESTA 3, với các tính năng mới bao gồm vẽ hình thái bên ngoài của các tinh thể; chồng chéo nhiều mô hình cấu trúc, dữ liệu thể tích và mặt tinh thể; tính toán mật độ điện tử và hạt nhân từ các tham số cấu trúc; tính toán hàm Patterson từ các tham số cấu trúc hoặc dữ liệu thể tích; tích hợp mật độ điện tử và hạt nhân bằng phân tách Voronoi; trực quan hóa bề mặt đều với nhiều mức độ khác nhau; xác định mặt phẳng tối ưu cho các nguyên tử được chọn; một thuật toán tìm kiếm liên kết mở rộng để cho phép các tìm kiếm tinh vi hơn trong các phân tử phức tạp và cấu trúc giống như lồng; thao tác hoàn tác và làm lại trong giao diện người dùng đồ họa; và cải tiến đáng kể hiệu suất trong việc hiển thị bề mặt đều và tính toán các lát cắt.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Arnold, H. (2005). International Tables for Crystallography, Vol. A, 5th ed., edited by Th. Hahn, pp. 78-85. Heidelberg: Springer.

Berman, 2003, Nat. Struct. Biol., 10, 980, 10.1038/nsb1203-980

Busing, W. R., Martin, K. O. & Levy, H. A. (1964). A FORTRAN Crystallographic Function and Error Program. Report ORNL-TM-306, Oak Ridge National Laboratory, Tennessee, USA.

Clark, 2002, Z. Kristallogr., 220, 567, 10.1524/zkri.220.5.567.65075

Collins, 1982, Nature (London), 298, 49, 10.1038/298049a0

Gelato, 1987, J. Appl. Cryst., 20, 139, 10.1107/S0021889887086965

Hall, 1991, Acta Cryst. A, 47, 655, 10.1107/S010876739101067X

Hartman, P. (1973). Crystal Growth: An Introduction, pp. 398-401. Amsterdam: North-Holland Publishing Co.

Izumi, 2004, Solid State Ionics, 172, 1, 10.1016/j.ssi.2004.04.023

Izumi, F. & Dilanian, R. A. (2002). Recent Research Developments in Physics, Vol. 3, part II, pp. 699-726. Trivandrum: Transworld Research Network.

Izumi, 2007, Solid State Phenom., 130, 15, 10.4028/www.scientific.net/SSP.130.15

Izumi, 2008, Bull. Ceram. Soc. Jpn, 43, 902

Kanke, 1992, Acta Cryst. C, 48, 1376, 10.1107/S0108270192000751

Kato, K. & Izumi, F. (2008). Unpublished work.

Kokalj, 2003, Comput. Mater. Sci., 28, 155, 10.1016/S0927-0256(03)00104-6

Kresse, 1996, Phys. Rev. B, 54, 11169, 10.1103/PhysRevB.54.11169

Larson, A. C. & Von Dreele, R. B. (2004). GSAS. Report LAUR 86-748. Los Alamos National Laboratory, New Mexico, USA.

Momma, 2011, Nat. Commun., 2, 196, 10.1038/ncomms1196

Momma, 2008, J. Appl. Cryst., 41, 653, 10.1107/S0021889808012016

Momma, 2010, Jpn. Mag. Mineral. Petrol. Sci., 39, 136

Momma, 2009, Eur. J. Mineral., 21, 373, 10.1127/0935-1221/2009/0021-1893

Press, W. H., Flannery, B. P., Teukolsky, S. A. & Vetterling, W. T. (2007). Numerical Recipes: The Art of Scientific Computing, 3rd ed., pp. 1142-1146. New York: Cambridge University Press.

Sakata, 1992, Acta Cryst. B, 48, 591, 10.1107/S0108768192001770

Sears, V. F. (2004). International Tables for Crystallography, Vol. C, 3rd ed., edited by E. Prince, pp. 444-452. Dordrecht: Kluwer.

Segall, 2002, J. Phys. Condens. Matter, 14, 2717, 10.1088/0953-8984/14/11/301

Sheldrick, 2008, Acta Cryst. A, 64, 112, 10.1107/S0108767307043930

Smart, J., Hock, K. & Csomor, S. (2005). Cross-Platform GUI Programming with wxWidgets. Upper Saddle River: Prentice Hall.

Tsirelson, 2002, Acta Cryst. B, 58, 632, 10.1107/S0108768102005517

Waasmaier, 1995, Acta Cryst. A, 51, 416, 10.1107/S0108767394013292

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Applied Crystallography

Tập 44 Số 6

1272-1276

Thông tin tác giả