Phaser phần mềm tinh thể học

Journal of Applied Crystallography - Tập 40 Số 4 - Trang 658-674 - 2007
Airlie J. McCoy1, Ralf W. Grosse‐Kunstleve2, Paul D. Adams2, Martyn Winn3, Laurent C. Storoni1, Randy J. Read1
1Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge Institute for Medical Research, Wellcome Trust/MRC Building, Hills Road, Cambridge CB2 0XY, UK
2Lawrence Berkeley National Laboratory, One Cyclotron Road, Bldg 64R0121, Berkeley, CA 94720-8118, USA
3Daresbury Laboratory, Warrington WA4 4AD, UK

Tóm tắt

Phaser là một chương trình để xác định cấu trúc tinh thể đại phân tử bằng cả phương pháp thay thế phân tử và phương pháp xác định thử nghiệm. Các thuật toán xác định mới được triển khai trongPhaser đã được phát triển bằng cách sử dụng tối đa xác suất và thống kê đa biến. Đối với việc thay thế phân tử, các thuật toán mới đã chứng tỏ là tốt hơn đáng kể so với các phương pháp truyền thống trong việc phân biệt các giải pháp đúng khỏi nhiễu, và đối với xác định thử nghiệm phân tán dị thường đơn sóng, các thuật toán mới, tính đến các tương quan giữaF+F, cung cấp các pha tốt hơn (sai số pha trung bình thấp hơn so với các pha được cung cấp bởi cấu trúc đã được tinh chỉnh) so với những phương pháp sử dụng giá trị trung bìnhF và sự khác biệt dị thường ΔF. Một trong những khái niệm thiết kế củaPhaser là nó có khả năng tự động hóa cao. Để đạt được điều này,Phaser (được viết bằng C++) có thể được gọi trực tiếp từ Python, mặc dù nó cũng có thể được gọi bằng cách sử dụng đầu vào theo kiểu từ khóa truyền thống củaCCP4. Phaser là một nền tảng cho sự phát triển trong tương lai của các phương pháp xác định cải tiến và việc phát hành chúng, bao gồm mã nguồn, đến cộng đồng tinh thể học.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo