PHENIX: hệ thống toàn diện dựa trên Python cho việc giải quyết cấu trúc đại phân tử

International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 2 - Trang 213-221 - 2010
Paul D. Adams1,2, Pavel V. Afonine2, G. Bunkóczi3, Vincent B. Chen4, Ian Davis4, Nathaniel Echols2, Jeffrey J. Headd4, Li‐Wei Hung5, Gary J. Kapral4, Ralf W. Grosse‐Kunstleve2, Airlie J. McCoy3, Nigel W. Moriarty2, Robert D. Oeffner3, Randy J. Read3, David Richardson4, Jane S. Richardson4, Thomas C. Terwilliger5, Peter H. Zwart2
1Department of Bioengineering, UC Berkeley, CA 94720, USA
2Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA 94720, USA
3Department of Haematology, University of Cambridge, Cambridge Institute for Medical Research, Wellcome Trust/MRC Building, Cambridge CB2 0XY, England
4Department of Biochemistry, Duke University Medical Center, Durham NC 27710, USA
5Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM 87545, USA

Tóm tắt

Kỹ thuật tinh thể học X-quang đại phân tử thường được áp dụng để hiểu các quá trình sinh học ở cấp độ phân tử. Tuy nhiên, vẫn cần thời gian và nỗ lực đáng kể để giải quyết và hoàn thiện nhiều cấu trúc này do yêu cầu giải thích thủ công các dữ liệu số phức tạp thông qua nhiều gói phần mềm khác nhau và việc sử dụng lặp đi lặp lại đồ họa ba chiều tương tác.PHENIXđã được phát triển nhằm cung cấp một hệ thống toàn diện cho việc giải quyết cấu trúc tinh thể học đại phân tử với trọng tâm là tự động hóa tất cả các quy trình. Hệ thống này dựa trên việc phát triển các thuật toán có thể giảm thiểu hoặc loại bỏ các đầu vào chủ quan, phát triển các thuật toán tự động hóa các quy trình mà truyền thống thực hiện bằng tay và, cuối cùng, phát triển một khuôn khổ cho phép tích hợp chặt chẽ giữa các thuật toán.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Abrahams, 2003, C/C++ Users J., 21, 29

Adams, 2009, Curr. Opin. Struct. Biol., 19, 566, 10.1016/j.sbi.2009.07.014

Adams, 2002, Acta Cryst. D, 58, 1948, 10.1107/S0907444902016657

Adams, 2009, Acta Cryst. D, 65, 567, 10.1107/S0907444909011548

Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W. & Adams, P. D. (2005). CCP4 Newsl. 42, contribution 8.

Afonine, 2007, Acta Cryst. D, 63, 1194, 10.1107/S0907444907046148

Afonine, 2009, J. Appl. Cryst., 42, 607, 10.1107/S0021889809023528

Altona, 1972, J. Am. Chem. Soc., 94, 8205, 10.1021/ja00778a043

Arendall, 2005, J. Struct. Funct. Genomics, 6, 1, 10.1007/s10969-005-3138-4

Berman, 2000, Nucleic Acids Res., 28, 235, 10.1093/nar/28.1.235

Brünger, 1987, Science, 235, 458, 10.1126/science.235.4787.458

Chen, 2010, Acta Cryst. D, 66, 12, 10.1107/S0907444909042073

Davis, 2007, Nucleic Acids Res., 35, W375, 10.1093/nar/gkm216

DeLano, W. L. (2002). The PyMOL Molecular Graphics System. DeLano Scientific LLC, Palo Alto, California, USA. http://www.pymol.org.

Emsley, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2126, 10.1107/S0907444904019158

Flynn, 2007, Structure, 15, 671, 10.1016/j.str.2007.04.008

Gelbin, 1996, J. Am. Chem. Soc., 118, 519, 10.1021/ja9528846

Grosse-Kunstleve, 2003, Acta Cryst. D, 59, 1966, 10.1107/S0907444903018043

Grosse-Kunstleve, 1999, Acta Cryst. D, 55, 1568, 10.1107/S0907444999007763

Grosse-Kunstleve, R. W., Moriarty, N. W. & Adams, P. D. (2009). Proceedings of ASME 2009 International Design Engineering Technical Conferences, San Diego, California, 30 August-2 September 2009. Paper #DETC2009-87737. ASME Press.

Grosse-Kunstleve, 2002, J. Appl. Cryst., 35, 126, 10.1107/S0021889801017824

Gunčar, 2000, Structure, 8, 305, 10.1016/S0969-2126(00)00108-8

Headd, 2009, J. Struct. Funct. Genomics, 10, 83, 10.1007/s10969-008-9045-8

Kostelecky, 2009, EMBO Rep., 10, 983, 10.1038/embor.2009.150

Lebedev, 2006, Acta Cryst. D, 62, 83, 10.1107/S0907444905036759

Lovell, 2003, Proteins, 50, 437, 10.1002/prot.10286

Lovell, 2000, Proteins, 40, 389, 10.1002/1097-0134(20000815)40:3<389::AID-PROT50>3.0.CO;2-2

Lunin, 1988, Acta Cryst. A, 44, 144, 10.1107/S0108767387009784

Lunin, 1995, Acta Cryst. A, 51, 880, 10.1107/S010876739500688X

Lutz, M. & Ascher, D. (1999). Learning Python. Sebastopol, California, USA: O'Reilly & Associates.

McCoy, 2007, Acta Cryst. D, 63, 32, 10.1107/S0907444906045975

McCoy, 2007, J. Appl. Cryst., 40, 658, 10.1107/S0021889807021206

McCoy, 2005, Acta Cryst. D, 61, 458, 10.1107/S0907444905001617

McCoy, 2004, Acta Cryst. D, 60, 1220, 10.1107/S0907444904009990

Miller, 1994, J. Appl. Cryst., 27, 613, 10.1107/S0021889894000191

Moriarty, 2009, Acta Cryst. D, 65, 1074, 10.1107/S0907444909029436

Morris, 2004, J. Synchrotron Rad., 11, 56, 10.1107/S090904950302394X

Murshudov, 1997, Acta Cryst. D, 53, 240, 10.1107/S0907444996012255

Navaza, 1995, Acta Cryst. A, 51, 445, 10.1107/S0108767394011335

Padilla, 2003, Acta Cryst. D, 59, 1124, 10.1107/S0907444903007947

Parkinson, 1996, Acta Cryst. D, 52, 57, 10.1107/S0907444995011115

Popov, 2003, Acta Cryst. D, 59, 1145, 10.1107/S0907444903008163

Potterton, 2003, Acta Cryst. D, 59, 1131, 10.1107/S0907444903008126

Pražnikar, 2009, Acta Cryst. D, 65, 921, 10.1107/S0907444909021933

Read, 1986, Acta Cryst. A, 42, 140, 10.1107/S0108767386099622

Read, 1999, Acta Cryst. D, 55, 1759, 10.1107/S0907444999008471

Read, 2001, Acta Cryst. D, 57, 1373, 10.1107/S0907444901012471

Richardson, 2008, RNA, 14, 465, 10.1261/rna.657708

Schomaker, 1968, Acta Cryst. B, 24, 63, 10.1107/S0567740868001718

Sheldrick, 2008, Acta Cryst. A, 64, 112, 10.1107/S0108767307043930

Stewart, 2004, J. Mol. Model., 10, 155, 10.1007/s00894-004-0183-z

Storoni, 2004, Acta Cryst. D, 60, 432, 10.1107/S0907444903028956

Terwilliger, 1999, Acta Cryst. D, 55, 1863, 10.1107/S0907444999010033

Terwilliger, 2001, Acta Cryst. D, 57, 1755, 10.1107/S0907444901013737

Terwilliger, 2002, Acta Cryst. D, 58, 2213, 10.1107/S0907444902016384

Terwilliger, 2002, Acta Cryst. D, 58, 2082, 10.1107/S0907444902016360

Terwilliger, 2003, Acta Cryst. D, 59, 38, 10.1107/S0907444902018036

Terwilliger, 2003, Acta Cryst. D, 59, 45, 10.1107/S0907444902018048

Terwilliger, 2003, Acta Cryst. D, 59, 1688, 10.1107/S0907444903015142

Terwilliger, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2144, 10.1107/S0907444904019535

Terwilliger, 2007, Acta Cryst. D, 63, 101, 10.1107/S0907444906046233

Terwilliger, 2009, Acta Cryst. D, 65, 582, 10.1107/S0907444909012098

Terwilliger, 1999, Acta Cryst. D, 55, 849, 10.1107/S0907444999000839

Terwilliger, 2007, Acta Cryst. D, 63, 597, 10.1107/S0907444907009791

Terwilliger, 2008, Acta Cryst. D, 64, 515, 10.1107/S0907444908004319

Terwilliger, 2008, Acta Cryst. D, 64, 61, 10.1107/S090744490705024X

Terwilliger, 2006, Acta Cryst. D, 62, 915, 10.1107/S0907444906017161

Tronrud, 1997, Methods Enzymol., 277, 306, 10.1016/S0076-6879(97)77017-4

Turk, D. (2007). Evolving Methods for Macromolecular Crystallography, edited by R. J. Read & J. L. Sussman, pp. 111-122. Heidelberg: Springer.

Urzhumtsev, 1996, J. Appl. Cryst., 29, 741, 10.1107/S0021889896007194

Urzhumtseva, 2009, Acta Cryst. D, 65, 297, 10.1107/S0907444908044296

Wang, 1985, Methods Enzymol., 115, 90, 10.1016/0076-6879(85)15009-3

Wang, 2008, J. Math. Biol., 56, 253, 10.1007/s00285-007-0082-x

Word, 1999, J. Mol. Biol., 285, 1711, 10.1006/jmbi.1998.2400

Word, 1999, J. Mol. Biol., 285, 1735, 10.1006/jmbi.1998.2401

Zwart, 2005, Acta Cryst. D, 61, 1437, 10.1107/S0907444905023589

Zwart, P. H., Grosse-Kunstleve, R. W. & Adams, P. D. (2005). CCP4 Newsl. 43, contribution 7.

Zwart, 2008, Acta Cryst. D, 64, 99, 10.1107/S090744490705531X

Thông tin
Thông tin xuất bản

International Union of Crystallography (IUCr)

Tập 66 Số 2

213-221

Thông tin tác giả