[{"data":1,"prerenderedAt":-1},["ShallowReactive",2],{"_public_topic_publications_%C4%91%E1%BB%99ng%20l%E1%BB%B1c%20h%E1%BB%8Dc%20ph%C3%A2n%20t%E1%BB%AD{\"limit\":5}":3,"_public_topic_byId_động lực học phân tử":39},{"code":4,"data":5,"meta":20},"SUCCESS",{"latest":6,"mostCited":7,"vietnamFeatured":24,"vietnamLatest":38},[],[8],{"publicationId":9,"title":10,"originalTitle":11,"authorNames":12,"authorCount":15,"journalName":16,"vietnamJournal":17,"publishDate":18,"publishYear":19,"totalCitation":20,"url":21,"doi":22,"summary":23},"556d779a-3f6a-4d02-9b4b-67874275ac1c","Chuyển đổi pha do năng lượng và áp suất trong các phim mỏng phân tử của n-alkan","Energetically and pressure driven phase transitions in molecularly thin films of n-alkanes",[13,14],"Ravi K. Ballamudi","Ioannis A. Bitsanis",2,"Tribology Letters",false,"1995-11-01",1995,null,"https:\u002F\u002Flink.springer.com\u002Farticle\u002F10.1007\u002FBF00209772","10.1007\u002FBF00209772","\u003Cp>Công trình hóa lý tính toán thực hiện các mô phỏng \u003Cb class=\"publication-topic-keywords\">động lực học phân tử\u003C\u002Fb> trên màng mỏng n-octan bị giam giữ giữa các bề mặt rắn nhằm giải mã quy luật chuyển pha lỏng rắn do áp suất và năng lượng bám dính thúc đẩy. Kết quả cho thấy sự gia tăng đột ngột của trật tự nội phân tử và hiện tượng đóng băng chuyển động quay của chuỗi carbon khi vượt ngưỡng tải trọng. Mô hình \u003Cb class=\"publication-topic-keywords\">động lực học phân tử\u003C\u002Fb> lượng hóa chính xác các biến đổi cấu trúc ở cấp độ nanomet.\u003C\u002Fp>",[25],{"publicationId":26,"title":27,"originalTitle":20,"authorNames":28,"authorCount":30,"journalName":31,"vietnamJournal":32,"publishDate":33,"publishYear":34,"totalCitation":20,"url":35,"doi":36,"summary":37},"552c4417-3ff6-41fe-9d74-648f0bb9ca58","So sánh sự khuếch tán của ion natri giữa các simplex trong các hệ thủy tinh silicat khác nhau bằng mô phỏng động lực học phân tử",[29],"Pham Thi Lien",1,"Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Đà Nẵng",true,"2025-03-31",2025,"https:\u002F\u002Fjst-ud.vn\u002Fjst-ud\u002Farticle\u002Fview\u002F9531","10.31130\u002Fud-jst.2025.514E","\u003Cp>Nghiên cứu vật lý chất rắn ứng dụng phương pháp mô phỏng \u003Cb class=\"publication-topic-keywords\">động lực học phân tử\u003C\u002Fb> để phân tích cơ chế khuếch tán của ion natri trong các hệ thủy tinh silicat kiềm ở nhiệt độ cao 1173 K. Phân tích hình học dựa trên cấu trúc simplex làm sáng tỏ mối liên hệ giữa số lượng liên kết oxy cầu và độ linh động của các hạt vi mô. Dữ liệu tính toán từ mô phỏng \u003Cb class=\"publication-topic-keywords\">động lực học phân tử\u003C\u002Fb> làm rõ bản chất chuyển dịch ion trong vật liệu vô định hình phức tạp.\u003C\u002Fp>",[],{"code":4,"data":40,"meta":20},{"id":41,"title":42,"description":43,"content":44,"term":41,"englishTitle":45,"synonyms":46,"definition":50,"discipline":51,"references":52,"faqs":77,"createUser":87,"publishUser":20,"keywords":90,"keywordCount":97,"enrichTopicLink":17,"status":98,"createTime":99,"updateTime":100,"publishTime":20,"linkEnrichedTime":101,"publicationScanTime":102,"contentErrorMessage":20,"viewCount":103,"relateTopics":104},"động lực học phân tử","Động lực học phân tử (MD) là gì? Nguyên lý và ứng dụng","Động lực học phân tử (MD) mô phỏng quỹ đạo và động học nguyên tử theo thời gian dựa trên trường lực và phương trình Newton, ứng dụng trong hóa dược và sinh học cấu trúc.","\u003Cp>Động lực học phân tử (molecular dynamics - MD) là phương pháp mô phỏng máy tính dựa trên cơ học thống kê và cơ học cổ điển nhằm nghiên cứu sự tiến triển theo thời gian của một hệ thống nhiều hạt (nguyên tử, phân tử hoặc hạt thô). Bằng cách tích phân số các phương trình chuyển động của Newton cho toàn bộ nguyên tử trong hệ, mô phỏng MD cho phép quan sát chi tiết động học phân tử ở độ phân giải không gian cấp độ angstrom (0.1 nanomet) và độ phân giải thời gian cấp độ femtosecond (1 fs = \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">10^{-15}\u003C\u002Fscript> giây).\u003C\u002Fp>\n\n\u003Ch2>Cơ sở lý thuyết và phương trình chuyển động\u003C\u002Fh2>\n\u003Cp>Trong mô phỏng động lực học phân tử cổ điển, mỗi nguyên tử \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">i\u003C\u002Fscript> có khối lượng \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">m_i\u003C\u002Fscript> được coi là một chất điểm tại vị trí \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">\\mathbf{r}_i(t)\u003C\u002Fscript>. Lực tương tác tác dụng lên nguyên tử \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">i\u003C\u002Fscript> tại thời điểm \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">t\u003C\u002Fscript> được xác định bởi đạo hàm riêng bậc nhất của thế năng toàn phần \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">V(\\mathbf{r}_1, \\mathbf{r}_2, \\dots, \\mathbf{r}_N)\u003C\u002Fscript>:\u003C\u002Fp>\n\u003Cp>\u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">\\mathbf{F}_i = -\nabla_i V(\\mathbf{r}_1, \\mathbf{r}_2, \\dots, \\mathbf{r}_N) = m_i \frac{d^2 \\mathbf{r}_i}{dt^2}\u003C\u002Fscript>\u003C\u002Fp>\n\u003Cp>Hệ phương trình vi phân cấp 2 liên kết này không thể giải chính xác bằng giải tích đối với hệ nhiều hạt (\u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">N > 2\u003C\u002Fscript>), do đó cần sử dụng các thuật toán {{topic|%7B%22topic%22%3A%22t%C3%ADch%20ph%C3%A2n%20s%E1%BB%91%22%7D}} như thuật toán Verlet, Velocity Verlet hoặc Leap-frog với bước thời gian tích phân (time step) điển hình từ 1 đến 2 femtoseconds nhằm đảm bảo tính bảo toàn năng lượng và độ ổn định số học.\u003C\u002Fp>\n\n\u003Ch2>Trường lực trong mô phỏng phân tử\u003C\u002Fh2>\n\u003Cp>Thế năng toàn phần \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">V(\\mathbf{r})\u003C\u002Fscript> được mô tả thông qua trường lực (force field) kinh nghiệm, chia thành hai nhóm đóng góp chính: tương tác liên kết (bonded interactions) và tương tác phi liên kết (non-bonded interactions):\u003C\u002Fp>\n\u003Cp>\u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">V(\\mathbf{r}) = \\sum_{\text{bonds}} K_b (r - r_0)^2 + \\sum_{\text{angles}} K_\theta (\theta - \theta_0)^2 + \\sum_{\text{dihedrals}} V_n [1 + \\cos(n\\phi - \\gamma)] + \\sum_{i \u003C j} \\left[ 4\u000barepsilon_{ij} \\left( \\left(\frac{\\sigma_{ij}}{r_{ij}}\right)^{12} - \\left(\frac{\\sigma_{ij}}{r_{ij}}\right)^6 \right) + \frac{q_i q_j}{4\\pi\u000barepsilon_0 r_{ij}} \right]\u003C\u002Fscript>\u003C\u002Fp>\n\u003Cul>\n  \u003Cli>\u003Cstrong>Tương tác liên kết:\u003C\u002Fstrong> Gồm dao động dãn dài liên kết (harmonic bond stretching), góc hóa trị (angle bending) và năng lượng xoay quanh trục liên kết (torsional dihedral angles).\u003C\u002Fli>\n  \u003Cli>\u003Cstrong>Tương tác phi liên kết:\u003C\u002Fstrong> Gồm thế tương tác Van der Waals biểu diễn qua hàm thế Lennard-Jones 12-6 và tương tác tĩnh điện Coulomb giữa các điện tích điểm cục bộ \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">q_i, q_j\u003C\u002Fscript>.\u003C\u002Fli>\n\u003C\u002Ful>\n\u003Cp>Các bộ trường lực phổ biến trong mô phỏng phân tử sinh học bao gồm AMBER, CHARMM, GROMOS và OPLS-AA, được tối ưu hóa dựa trên tính toán {{topic|%7B%22topic%22%3A%22h%C3%B3a%20h%E1%BB%8Dc%20l%C6%B0%E1%BB%A3ng%20t%E1%BB%AD%22%7D}} ab initio kết hợp thực nghiệm phổ học.\u003C\u002Fp>\n\n\u003Ch2>Tập hợp thống kê và kiểm soát nhiệt động\u003C\u002Fh2>\n\u003Cp>Để tái lập chính xác các điều kiện {{topic|%7B%22topic%22%3A%22nhi%E1%BB%87t%20%C4%91%E1%BB%99ng%20l%E1%BB%B1c%20h%E1%BB%8Dc%22%7D}} trong phòng thí nghiệm, mô phỏng MD áp dụng các tập hợp thống kê khác nhau:\u003C\u002Fp>\n\u003Cul>\n  \u003Cli>\u003Cstrong>Tập hợp vi chính tắc (NVE):\u003C\u002Fstrong> Bảo toàn số hạt \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">N\u003C\u002Fscript>, thể tích \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">V\u003C\u002Fscript> và tổng năng lượng \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">E\u003C\u002Fscript>.\u003C\u002Fli>\n  \u003Cli>\u003Cstrong>Tập hợp chính tắc (NVT):\u003C\u002Fstrong> Giữ cố định nhiệt độ \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">T\u003C\u002Fscript> thông qua các bộ điều nhiệt (thermostat) như Berendsen, Langevin dynamics hoặc Nosé-Hoover thermostat.\u003C\u002Fli>\n  \u003Cli>\u003Cstrong>Tập hợp đẳng nhiệt - đẳng áp (NPT):\u003C\u002Fstrong> Giữ cố định nhiệt độ \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">T\u003C\u002Fscript> và áp suất \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">P\u003C\u002Fscript> (thường ở 300 K và 1 bar) bằng cách kết hợp bộ điều áp (barostat) như Berendsen hoặc Parrinello-Rahman barostat.\u003C\u002Fli>\n\u003C\u002Ful>\n\n\u003Ch2>Điều kiện biên và xử lý tương tác tầm xa\u003C\u002Fh2>\n\u003Cp>Để triệt tiêu hiệu ứng bề mặt nhân tạo của hộp mô phỏng hữu hạn, điều kiện biên tuần hoàn (Periodic Boundary Conditions - PBC) được thiết lập bằng cách sao chép vô hạn hộp mô phỏng trong không gian ba chiều. Tương tác tĩnh điện tầm xa được tính toán hiệu quả và chính xác bằng thuật toán tổng Ewald lưới hạt (Particle Mesh Ewald - PME), giảm độ phức tạp tính toán từ \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">O(N^2)\u003C\u002Fscript> xuống \u003Cscript type=\"math\u002Ftex\">O(N \\log N)\u003C\u002Fscript>.\u003C\u002Fp>\n\n\u003Ch2>Ứng dụng và phương pháp lấy mẫu nâng cao\u003C\u002Fh2>\n\u003Cp>Động lực học phân tử là công cụ then chốt trong sinh học cấu trúc, hóa dược và {{topic|%7B%22topic%22%3A%22khoa%20h%E1%BB%8Dc%20v%E1%BA%ADt%20li%E1%BB%87u%22%7D}}: từ giải mã cơ chế gấp cuộn protein (protein folding), {{topic|%7B%22topic%22%3A%22v%E1%BA%ADn%20chuy%E1%BB%83n%20ion%22%7D}} qua kênh {{topic|%7B%22topic%22%3A%22m%C3%A0ng%20t%E1%BA%BF%20b%C3%A0o%22%7D}}, đến tính toán năng lượng liên kết tự do của thuốc với protein đích (free energy perturbation - FEP, MM-PBSA). Khi nghiên cứu các quá trình chuyển pha hoặc thay đổi cấu hình diễn ra ở thang thời gian mili-giây đến giây vượt quá khả năng của MD thông thường, các kỹ thuật lấy mẫu nâng cao (enhanced sampling) như Metadynamics, Umbrella Sampling và Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD) được ứng dụng rộng rãi.\u003C\u002Fp>","molecular dynamics",[47,48,49],"MD simulation","mô phỏng động lực học phân tử","molecular dynamics simulation","Động lực học phân tử (MD) là phương pháp mô phỏng máy tính dựa trên cơ học thống kê và cơ học cổ điển, nghiên cứu quỹ đạo chuyển động theo thời gian của hệ nguyên tử và phân tử thông qua việc tích phân số các phương trình chuyển động của Newton.","NATURAL_SCIENCES",[53,61,69],{"citationText":54,"title":55,"authors":56,"source":57,"year":58,"doi":59,"url":60},"Karplus, M., & McCammon, J. A. (2002). Molecular dynamics simulations of biomolecules. Nature Structural Biology, 9(9), 646-652.","Molecular dynamics simulations of biomolecules","Karplus, M., & McCammon, J. A.","Nature Structural Biology",2002,"10.1038\u002Fnsb0902-646","https:\u002F\u002Fdoi.org\u002F10.1038\u002Fnsb0902-646",{"citationText":62,"title":63,"authors":64,"source":65,"year":66,"doi":67,"url":68},"Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, K., Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., ... & Wriggers, W. (2010). Atomic-level characterization of the structural dynamics of proteins. Science, 330(6002), 341-346.","Atomic-Level Characterization of the Structural Dynamics of Proteins","Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, K., Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., Bank, J. A., Jumper, J. M., Salmon, J. K., Shan, Y., & Wriggers, W.","Science",2010,"10.1126\u002Fscience.1187409","https:\u002F\u002Fdoi.org\u002F10.1126\u002Fscience.1187409",{"citationText":70,"title":71,"authors":72,"source":73,"year":74,"doi":75,"url":76},"van Gunsteren, W. F., & Berendsen, H. J. (1990). Computer simulation of molecular dynamics: Methodology, applications, and perspectives in chemistry. Angewandte Chemie International Edition, 29(9), 992-1023.","Computer Simulation of Molecular Dynamics: Methodology, Applications, and Perspectives in Chemistry","van Gunsteren, W. F., & Berendsen, H. J.","Angewandte Chemie International Edition",1990,"10.1002\u002Fanie.199009921","https:\u002F\u002Fdoi.org\u002F10.1002\u002Fanie.199009921",[78,81,84],{"question":79,"answer":80},"Mô phỏng động lực học phân tử (MD) hoạt động theo nguyên lý cơ bản nào?","Mô phỏng MD tính toán lực tương tác giữa các nguyên tử từ thế năng trường lực và tích phân số phương trình chuyển động của Newton để theo dõi quỹ đạo tọa độ và vận tốc của từng hạt theo thời gian.",{"question":82,"answer":83},"Tại sao bước thời gian (time step) trong mô phỏng MD thường chọn từ 1 đến 2 femtosecond?","Bước thời gian cần phải đủ nhỏ hơn chu kỳ dao động nhanh nhất trong phân tử (thường là dao động liên kết cộng hóa trị C-H cỡ 10 femtosecond) để thuật toán tích phân số duy trì sự ổn định và bảo toàn năng lượng.",{"question":85,"answer":86},"Thuật toán Particle Mesh Ewald (PME) có vai trò gì trong mô phỏng phân tử?","Thuật toán PME tính toán chính xác tương tác tĩnh điện Coulomb tầm xa trong điều kiện biên tuần hoàn PBC với độ phức tạp tính toán tối ưu O(N log N).",{"id":30,"researcherId":20,"name":88,"imageUrl":89},"Nguyễn Ngọc Sơn","https:\u002F\u002Flh3.googleusercontent.com\u002Fa\u002FACg8ocLGfGsF1nYQqYK5BasTLhNu1dBrBXg2fcEgBNPXJ0p2gqLQnO7i=s96-c",[91,92,93,94,95,96],"tích phân số","hóa học lượng tử","nhiệt động lực học","khoa học vật liệu","vận chuyển ion","màng tế bào",6,"PUBLISHED","2023-09-06T08:41:24.325+00:00","2026-09-04T06:09:57.742+00:00","2026-09-04T06:09:57.379+00:00","2026-09-04T05:18:11.138+00:00",462,[105,108,111,114,117,120,123,126,128,131],{"id":106,"title":107,"term":106,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"nhiệt dung","Nhiệt dung là gì? Các nghiên cứu khoa học về Nhiệt dung",{"id":109,"title":110,"term":109,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"sol gel","Sol-gel là gì? Các công bố khoa học về Sol gel",{"id":112,"title":113,"term":112,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"hình thái","Hình thái là gì? Các công bố khoa học về Hình thái",{"id":115,"title":116,"term":115,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"vector chuyển gen","Vector chuyển gen là gì? Các nghiên cứu khoa học liên quan",{"id":118,"title":119,"term":118,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"hiệu suất nhiệt","Hiệu suất nhiệt là gì? Các nghiên cứu khoa học liên quan",{"id":121,"title":122,"term":121,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"vi khuẩn lactic","Vi khuẩn lactic là gì? Các công bố khoa học về Vi khuẩn lactic",{"id":124,"title":125,"term":124,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"khuếch tán","Khuếch tán là gì? Các công bố khoa học về Khuếch tán",{"id":48,"title":127,"term":48,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"Mô phỏng động lực học phân tử là gì? Các nghiên cứu khoa học",{"id":129,"title":130,"term":129,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"paraffin","Paraffin là gì? Các nghiên cứu khoa học về Paraffin",{"id":132,"title":133,"term":132,"englishTitle":20,"definition":20,"discipline":20,"disciplineCode":20,"disciplineLabel":20,"disciplineColor":20,"disciplineIcon":20},"lipid","Lipid là gì? Các nghiên cứu, công bố khoa học về Lipid"]